圖、文／鏡週刊
▲民進黨立委王定宇（左）擔任祕密會議主席時，曾阻止馬文君在會中講電話。（圖／鏡週刊）
台灣首艘自製潛艦海鯤號（Indigenous Defense Submarine，縮寫：IDS）下水前，意外引發洩密風暴。軍方人士說，IDS從設計、建造、執行，馬文君一路提預算凍結及刪除，並藉由質詢過程不斷探詢各種機密，還毫不在乎地說「這哪有什麼祕密」，恐讓人懷疑她是否就是要讓潛艦造艦的時間延遲、趕不上，甚至中斷。
根據立法院公報，2019年1月，時任立法院長蘇嘉全主持預算朝野協商，儘管時任參謀總長的李宗孝一再強調，（潛艦）這個案子非常重要，十幾年下來，只有最近國軍才突破了一些困境，當年的預算關係到廠商信心、國家信譽，非常重要。他也承諾3月海軍就會向立委們說明，把執行成效完全展現。馬文君當時竟回說：「因為已經進行了10年、20年，所以其實也不急在這1、2年」。
▲潛艦國造是蔡英文上任總統後，大力推動的國防自主重要項目之一。（圖／翻攝總統府flickr）
馬文君當時還質疑，船塢要將近80億元，要蓋在哪裡都不知道，「所以我們覺得蓋的時間點不對。其次，地目是不是符合、環評是不是通過、是不是有經過大地工程？至少都要花上1年的時間，為什麼你們今年要編預算蓋船廠？」
李宗孝則說明，（船塢）會在台船所設的建造潛艦專區，土地屬於交通部，是國有土地，由海軍出預算，在國有土地上設置公有財產，產權很清楚，就是屬於國家的。他也強調，世界各國建造潛艦的首艘艦與原型艦的船廠，就國防部所知，包括希臘、印度等國，都是由政府出資。民進黨團總召柯建銘則當場直接嗆馬文君「你想要哪一間，你講清楚一點」「潛艦國造是國家的事情，蓋在國家土地上有什麼不對嗎？」。
2021年3月17日，立法院邀國防部長邱國正業務報告，當次會議並非機密會議，但馬文君卻公開問起潛艦紅區裝備許可，她說「包括戰系數位聲納系統，還有輔助裝備系統，對不對？」參謀長敖以智當時表示，只有區分成主次要裝備跟輔助裝備，馬文君質疑「所以還是模糊的？沒辦法確定它有拿到輸出許可？」敖解釋「因為當初委員會裡面有規定細節部分只能在…（意指秘密會議）」就被馬文君打斷痛罵「這個不是細節，也沒有機密可言」「今天這麼重要的輸出許可，你怎麼可以在這裡說這個是細節？」她還痛批「今天你們要求我們簽保密協定，這是天大的笑話，因為這根本沒有機密可言」。
▲2020年10月底祕密會議，軍方還將一組原型艦模型搬到立法院。（圖／中華民國海軍提供）
2022年11月，馬文君認為潛艦第二階段預算資訊揭露不足，提案凍結5億元，她當時表示「我想要請教部長或者其他人，你們知道潛艦的進度是什麼嗎？全世界都知道我們在潛艦國造，有什麼好機密的？」參謀長蔣正國當時說，保密問題「主要就是整個國際環境還有受限於中共打壓」，馬文君反譏「拿中共打壓來說，那個是多餘的，如果要打壓，它早就打壓了！」
甚至到2023年5月，她在外交國防委員會關切潛艦即將下水，建議「不要把整個統統蓋起來，包括桅桿都不要蓋，因為怕大家對於螺旋槳噪音或是其他的可能會有一些機敏性，那其他的部分都應該要公開，沒有什麼極機密啦！」
趙天麟說，立法院外交國防委員會在今年潛艦下水典禮前，還曾前往海昌工廠考察，當時馬文君也有去，並跟眾委員進入潛艦內部看指揮台、潛望鏡、魚雷管等，「要看什麼軍方都給我們看」，但一路上只見馬文君跟黃曙光激辯，不管黃說什麼，她都會說「你這個沒有用啦」「唬爛啊」，讓其他立委聽了很厭煩，認為「到底是你馬文君懂還是黃曙光懂？」。
他認為，這幾年立委監督潛艦國造的結果，都在928潛艦下水前，就透過考察全部呈現給立委們看了，立委們可說已善盡民主政治的監督角色，馬文君看也看了，最後卻還是公開批潛艦「政治下水」「海底棺材」，影片甚至被中國深圳衛視引用，「我真的認為太不可原諒，太可惡了！」。
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