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中國在南海主張「九段線」聲稱擁有南海島嶼及人工島權利，被菲律賓以違反《聯合國海洋法公約》（UNCLOS）向荷蘭海牙常設仲裁法院提出南海仲裁案，其結果剛剛出爐，法院裁定菲律賓贏得仲裁案，指出中國沒有「九段線」權利。仲裁結果指出，菲律賓贏得三項訴求，中國除了沒有「九段線」權利，因南沙海域的珊瑚礁生態已帶來永久且無法恢復的傷害，因此中國不擁有南沙群島專屬經濟區。另外，針對太平島的議題，仲裁結果稱太平島是「岩礁」而非「島」，太平島僅能宣稱12浬領海，此判決將衝擊中華民國領土主權。
➔ 仲裁庭發布裁決全文（非官方翻譯）：
今日根據《聯合國海洋法公約》（簡稱《公約》）附件七組成的仲裁庭就菲律賓共和國對中華人民共和國提起的仲裁案作出了一致裁決。
該仲裁案涉及在南海的歷史性權利的作用和海洋權利的淵源、某些島礁的地位及其能夠產生的海洋權利，以及菲律賓聲稱違反了《公約》的中國某些行為的合法性問題。考慮到《公約》對強制爭端解決的限制性規定，仲裁庭強調，它既不對任何涉及陸地領土主權的問題進行裁決，也不划定當事雙方之間的任何邊界。
中國反覆聲明「其不接受、不參與由菲律賓單方面提起的仲裁」。然而，《公約》附件七規定，「爭端一方缺席或不對案件進行辯護，應不妨礙程序的進行」。附件七同時規定，在爭端一方不參與程序的情況下，仲裁庭「必須不但查明對該爭端確有管轄權，而且查明所提要求在事實上和法庭上均確有根據」。因此，在整個程序中，仲裁庭採取了一些步驟驗證菲律賓訴求的正確性，包括要求菲律賓提交進一步的書面論證，在兩次庭審之前及庭審過程中對菲律賓進行詢問，指定獨立的專家就技術性問題向仲裁庭報告，以及獲取關於南海島礁的歷史性證據並提供給當事雙方予以評論。
通過2014年12月發布的《立場文件》和其他官方聲明，中國明確表示，仲裁庭對本案涉及的事項缺乏管轄權。《公約》第288條規定：「對於法院或法庭是否具有管轄權如果發生爭端，這一問題應由該法院或法庭以裁定解決」。據此，仲裁庭於2015年7月就管轄權和可受理性問題進行了開庭審理，並於2015年10月29日作出了《關於管轄權和可受理性問題的裁決》，其中對一些管轄權問題進行裁決並推遲對其他問題進行進一步審議。2015年11月24日至30日，仲裁庭接著對實體問題進行了開庭審理。
今日的裁決審議了《關於管轄權和可受理性問題的裁決》未決的管轄權問題和仲裁庭有權管轄的菲律賓訴求的實體性問題。根據《公約》第296條和附件七第11條的規定，該裁決具有終局性和拘束力。
歷史性權利和「九段線」：仲裁庭認為，它對當事雙方涉及南海的歷史性權利和海洋權利淵源的爭端具有管轄權。在實體問題上，仲裁庭認為，《公約》對海洋區域的權利作了全面的分配，考慮了對資源的既存權利的保護，但並未將其納入條約。因此，仲裁庭得出結論，即使中國曾在某種程度上對南海水域的資源享有歷史性權利，這些權利也已經在與《公約》關於專屬經濟區的規定不一致的範圍內歸於消滅。仲裁庭同時指出，儘管歷史上中國以及其他國家的航海者和漁民利用了南海的島嶼，但並無證據顯示歷史上中國對該水域或其資源擁有排他性的控制權。仲裁庭認為，中國對「九段線」內海洋區域的資源主張歷史性權利沒有法律依據。
島礁的地位：仲裁庭接下來審議了海洋區域的權利和島礁的地位。仲裁庭首先評估了中國主張的某些礁石在高潮時是否高於水面。高潮時高於水面的島礁能夠產生至少12浬的領海，而高潮時沒入水中的島礁則不能。仲裁庭注意到，這些礁石已經被填海和建設活動所嚴重改變，重申《公約》基於島礁的自然狀態對其進行歸類,並依據歷史資料對這些島礁進行評估。然後，仲裁庭考慮了中國主張的任一島礁能否產生超過12浬的海洋區域。根據《公約》，島嶼能夠產生200海裡的專屬經濟區和大陸架，但是「不能維持人類居住或其本身的經濟生活的岩礁，不應有專屬經濟區或大陸架」。仲裁庭認為，這項規定取決於一個島礁在自然狀態下，維持一個穩定的人類社群或者不依賴於外來資源或純採掘業的經濟活動的客觀承載力。仲裁庭注意到，現在很多島礁上駐紮的政府人員依賴於外來的支持，不能反映這些島礁的承載力。仲裁庭認為歷史證據更具有相關性，並註意到歷史上小規模的漁民曾經利用南沙群島，且有若干在其上建立日本漁業和肥料開採企業的嘗試。仲裁庭認定，這種短暫的利用並不構成穩定的人類社群的定居，且歷史上所有的經濟活動都是純採掘性的。據此，仲裁庭得出結論，認為南沙群島無一能夠產生延伸的海洋區域。仲裁庭還認為南沙群島不能夠作為一個整體共同產生海洋區域。在認定中國主張的島礁無一能夠產生專屬經濟區之後，仲裁庭認為它可以在不划分邊界的情況下裁定某些海洋區域位於菲律賓的專屬經濟區內，因為這些區域與中國任何可能的權利並不重疊。
中國行為的合法性：仲裁庭接下來審議了中國在南海行為的合法性。在認定特定區域位於菲律賓的專屬經濟區的基礎上，仲裁庭裁定中國的以下行為違法了菲律賓在其專屬經濟區享有的主權權利：（a）妨礙菲律賓的捕魚和石油開採；（b）建設人工島嶼；（c）未阻止中國漁民在該區域的捕魚活動。仲裁庭還認為，菲律賓漁民（如中國漁民一樣）在黃岩島有傳統的漁業權利，而中國限制其進入該區域從而妨礙了這些權利的行使。仲裁庭進一步認為，中國執法船對菲律賓船隻進行攔截的行為非法地造成了嚴重的碰撞危險。
對海洋環境的損害：仲裁庭考慮了中國近期在南沙群島七個島礁上的大規模填海和人工島嶼建設對海洋環境的影響，查明中國對珊瑚礁環境造成了嚴重損害，違反了其保全和保護脆弱的生態系統以及衰竭、受威脅或有滅絕危險的物種的生存環境的義務。仲裁庭還查明，中國官方對中國漁民在南海（使用對珊瑚礁環境造成嚴重損害的方法）大量捕撈有滅絕危險的海龜，珊瑚及大硨磲的行為知情，卻未履行其阻止此類活動的義務。
爭端的加劇：最後，仲裁庭審議了中國自本仲裁啟動之後的行為是否加劇了當事雙方之間的爭端。仲裁庭裁定，它對菲律賓海軍與中國海軍和執法船隻在仁愛礁的對峙可能造成的後果沒有管轄權進行審議，因為此項爭端涉及軍事活動，因此為強制爭端解決所排除。但是，仲裁庭認為，中國近期大規模的填海和建設人工島嶼的活動不符合締約國在爭端解決程序中的義務，因為中國對海洋環境造成了不可恢復的損害，在菲律賓專屬經濟區內建設大規模的人工島嶼，並破壞了構成雙方部分爭端的南海島礁自然狀態的證據。
【仲裁庭關於管轄權和菲律賓訴求的實體問題的裁決摘要】
1. 仲裁案的背景
菲律賓和中國間的南海仲裁案涉及菲律賓對其與中國在南海關系的四個事項進行裁決的請求。第一，菲律賓請求仲裁庭對當事雙方在南海的權利和義務淵源，以及《聯合國海洋法公約》（《公約》）對中國在所謂的「九段線」內主張的歷史性權利的效力作出裁決。第二，菲律賓請求仲裁庭裁定某些被菲律賓和中國同時主張的島礁能否被恰當地定義為《公約》下的島嶼，礁石，低潮高地或者水下地物。這些島礁在《公約》下的地位決定它們所能產生的海洋區域。第三，菲律賓請求仲裁庭裁定中國在南海的某些活動是否違反了《公約》的規定，包括妨礙菲律賓行使《公約》下的主權權利和自由或者進行損害海洋環境的建設和漁業活動。最後，菲律賓請求仲裁庭裁定中國的某些行為，尤其是自本仲裁啟動之後在南沙群島大規模填海和建設人工島嶼的活動，非法地加劇並擴大了雙方之間的爭端。
中國政府在此前進行的一系列程序中堅持不接受、不參與仲裁的立場，並在其外交照會、2014年12月7日發布的《中華人民共和國政府關於菲律賓共和國所提南海仲裁案管轄權問題的立場文件》（「中國《立場文件》」）、中國駐荷蘭王國大使至仲裁庭成員的信函以及多次的公開聲明中重申了這一立場。中國政府同時明確表示，這些聲明和文件「決不得被解釋為中國以任何形式參與仲裁程序」。
《公約》的以下兩個條款規定了爭端一方反對法庭的管轄權但是拒絕參與程序的情況：
（a）《公約》第288條規定：「對於法院或法庭是否具有管轄權如果發生爭端，這一問題應由該法院或法庭以裁定解決」。
（b）《公約》附件七第9條規定：「如爭端一方不出庭或對案件不進行辯護，他方可請示仲裁法庭繼續進行程序並作出裁決。爭端一方缺席或不對案件進行辯護，應不妨礙程序的進行。仲裁法庭在作出裁決前，必須不但查明對該爭端確有管轄權，而且查明所提要求在事實上和法庭上均確有根據」。
在整個仲裁程序中，仲裁庭採取了一些步驟以履行查明其是否具有管轄權以及菲律賓的訴求是否「在事實上和法庭上均確有根據」的義務。關於管轄權，仲裁庭決定將中國的非正式函文視為等同於對管轄權的異議，並於2015年7月7日至13日進行了管轄權和可受理性問題的開庭審理。仲裁庭在庭審之前及庭審過程中就管轄權問題向菲律賓提問，其中包括中國非正式函文中沒有提出的潛在問題，並於2015年10月29日發布了《關於管轄權和可受理性問題的裁決》（「《管轄權裁決》」），對一些管轄權問題作出了裁決並推遲將其他問題進一步與菲律賓訴求的實體問題一同審議。關於實體問題，為了驗證菲律賓的訴求的正確性，仲裁庭要求菲律賓提交進一步書面陳述，於2015年11月24至30日對實體問題進行開庭審理，並在庭審之前和庭審過程中就菲律賓訴求向其提問。仲裁庭還指定獨立的專家就技術性問題向仲裁庭報告，從英國水文辦公室、法國國家圖書館、法國國家海外檔案館的檔案中獲取南海的歷史記錄和水文測量數據，並與其它公共領域的相關資料一起提供給當事雙方進行評論。
2. 雙方立場
菲律賓在仲裁過程中共提出了15項訴求，請求仲裁庭裁定：
（1） 中國在南海的海洋權利，如菲律賓一樣，不能超過《聯合國海洋法公約》明文允許的範圍；
（2） 中國主張的對「九段線」範圍內的南海海域的主權權利和管轄權以及「歷史性權利」與《公約》相違背，這些主張在超過《公約》明文允許的中國海洋權利的地理和實體限制的範圍內不具有法律效力；
（3） 黃岩島不能產生專屬經濟區或者大陸架；
（4） 美濟礁、仁愛礁和渚碧礁為低潮高地，不能產生領海、專屬經濟區或者大陸架，並且為不能夠通過先占或其他方式取得的島礁；
（5） 美濟礁和仁愛礁為菲律賓專屬經濟區和大陸架的一部分；
（6） 南薰礁和西門礁（包括東門礁）為低潮高地，不能產生領海、專屬經濟區或者大陸架，但是它們的低潮線可以作為分別測量鴻庥島和景宏島的領海寬度的基線；
（7） 赤瓜礁、華陽礁和永暑礁不能產生專屬經濟區或者大陸架；
（8） 中國非法地妨礙了菲律賓享有和行使其對專屬經濟區和大陸架的生物和非生物資源的主權權利；
（9） 中國非法地未曾阻止其公民和船只開發菲律賓專屬經濟區內的生物資源；
（10） 通過妨礙其在黃岩島的傳統漁業活動，中國非法地阻止了菲律賓漁民尋求生計；
（11） 中國在黃岩島、仁愛礁、華陽礁、永暑礁、南薰礁、赤瓜礁、東門礁和渚碧礁違反了《公約》下保護和保全海洋環境的義務；
（12） 中國對美濟礁的占領和建造活動：
(a) 違反了《公約》關於人工島嶼，設施和結構的規定；
(b) 違反了中國在《公約》下保護和保全海洋環境的義務；以及
(c) 構成違反《公約》規定的試圖據為己有的違法行為；
（13） 中國危險地操作其執法船只給在黃岩島附近航行的菲律賓船只造成嚴重碰撞危險的行為違反了其在《公約》下的義務；
（14） 自從2013年1月仲裁開始，中國非法地加劇並擴大了爭端，包括：
(a) 妨礙菲律賓在仁愛礁海域及其附近海域的航行權利；
(b) 阻止菲律賓在仁愛礁駐扎人員的輪換和補給；
(c) 危害菲律賓在仁愛礁駐扎人員的健康和福利；以及
(d) 在美濟礁、華陽礁、永暑礁、南薰礁、赤瓜礁、東門礁和渚碧礁從事挖沙填海和人工島嶼的建造和建設活動
（15） 中國應該尊重菲律賓在《公約》下的權利和自由，遵守其在《公約》下的義務，包括保護和保全南海海洋環境的義務；同時，在行使其在南海的權利和自由時，應該對菲律賓在《公約》下的權利和自由予以適當考慮。
關於管轄權，菲律賓請求仲裁庭宣布菲律賓的訴求「完全在其管轄權範圍內並且具有完全的可受理性」。
中國不接受不參與仲裁，但已經表明了其認為仲裁庭「對此案不具有管轄權」的立場。在其《立場文件》中，中國闡述了以下立場：
- 菲律賓提請仲裁事項的實質是南海部分島礁的領土主權問題，超出《公約》的調整範圍，不涉及《公約》的解釋或適用；
- 以談判方式解決有關爭端是中菲兩國通過雙邊文件和《南海各方行為宣言》所達成的協議，菲律賓單方面將中菲有關爭端提交強制仲裁違反國際法；
- 即使菲律賓提出的仲裁事項涉及有關《公約》解釋或適用的問題，也構成中菲兩國海域劃界不可分割的組成部分，而中國已根據《公約》的規定於2006年作出聲明，將涉及海域劃界等事項的爭端排除適用仲裁等強制爭端解決程序；
盡管中國未對菲律賓主要訴求的實體問題作出同等的聲明，但在整個仲裁程序中，仲裁庭力圖通過中國同時期公開發表的聲明和外交函件確定其立場。
3. 仲裁庭關於管轄權範圍的裁決
關於仲裁庭對菲律賓訴求的管轄權的範圍，仲裁庭在《管轄權裁決》中闡述了可作為初步事項決定的管轄權問題，並在2016年7月12日的裁決中闡述了與菲律賓訴求中與實體問題相交織的管轄權問題。仲裁庭2016年7月12日的裁決包含並確認了《管轄權裁決》中關於管轄權的裁決。為保證完整性，此摘要包括仲裁庭在兩個裁決中關於管轄權的決定。
a. 初步事項
在《管轄權裁決》中，仲裁庭闡述了一系列關於管轄權的初步事項。仲裁庭注意到菲律賓與中國均為《公約》締約國，以及《公約》不允許締約國一般性地將自身排除出《公約》規定的爭端解決機制。仲裁庭認為中國的不參與並不剝奪仲裁庭的管轄權，仲裁庭依照《公約》附件七的規定（其中包括在一方缺席的情況下組成仲裁庭的規定）正當組成。最後，仲裁庭認為僅僅單方面提起仲裁這一行為不能構成對《公約》的濫用，因此未同意中國《立場文件》中相關的該項反對意見。
b. 涉及對《公約》解釋和適用的爭端的存在
在《管轄權裁決》中，仲裁庭審議了當事雙方的爭端是否涉及對《公約》的解釋和適用，因其是訴諸《公約》的爭端解決機制的必要條件。
仲裁庭不支持中國《立場文件》中關於當事雙方的爭端實際上是關於領土主權的爭端因而不是涉及《公約》的事項的意見。仲裁庭接受當事雙方存在關於南海島嶼主權的爭端，但是認為菲律賓提交仲裁的事項並不涉及主權問題。仲裁庭認為，審議菲律賓的訴求並不需要隱含地判定主權問題，並且審議這些問題並不會促進任何一方在南海島嶼主權上的主張。
仲裁庭同樣不支持中國《立場文件》中關於當事雙方的爭端實質上是關於海洋劃界的爭端，並因此被《公約》第298條和中國在2006年8月25日據此作出的聲明排除出爭端解決程序的意見。仲裁庭注意到，一項涉及一個國家對於某海洋區域是否可主張權利的爭端與對重疊海洋區域進行劃界是不同的問題。仲裁庭注意到，權利主張以及許多其他問題在邊界劃分中常常被審議，但是他們也可能在其他一些情況中出現。仲裁庭認為，這並不意味著一個爭端一旦涉及其中一項問題則必然地成為一個關於劃界的爭端。
最後，仲裁庭認為菲律賓的每一項主張均反映了一個涉及《公約》的爭端。據此，仲裁庭強調（a）一個涉及《公約》和其他權利（包括任何中國的「歷史性權利」）相互關系的爭端為涉及《公約》的爭端以及（b）在中國未明確陳述其立場的情況下，可以通過國家行為或者沉默來客觀地推斷爭端的存在。
c. 必要第三方的參加
在《管轄權裁決》中，仲裁庭考慮了如果其他對南海島嶼提出主張的國家不參與本仲裁是否會構成對仲裁庭行使管轄權的障礙。仲裁庭提出其他國家的權利不會成為「裁決的主題事項」，這也是判定必要第三方的標准。仲裁庭進一步指出，在2014年12月，越南向仲裁庭提交了一份聲明，聲稱其「不懷疑仲裁庭對這些程序的管轄權」。仲裁庭還指出，越南、馬來西亞以及印度尼西亞以觀察國的身份參加了關於管轄權問題的庭審，而在庭審中沒有任何一個國家提出其自身的參與是必要的。
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭指出其在2016年6月12日收到了來自馬來西亞的函文，回顧了馬來西亞在南海的主張。仲裁庭比較了馬來西亞的權利主張和其針對菲律賓訴求的實體問題裁決，確認了其關於馬來西亞不是必要第三方以及馬來西亞在南海的權利不妨礙其審議菲律賓的訴求的結論。
d. 管轄權的先決條件
在《管轄權裁決》中，仲裁庭考慮了《公約》第281和282條的適用性問題。根據這兩條的規定，如果一個國家已經同意通過其他方法解決爭端，則其可能被禁止使用《公約》規定的機制。
仲裁庭未接受中國《立場文件》中關於2002中國-東盟《南海各方共同行為宣言》導致菲律賓不被允許提起仲裁的意見。仲裁庭認為該《宣言》為不具有法律拘束力的政治性協議，該協議並未提供有拘束力的爭端解決機制，並未排除其他爭端解決方法，因此並不限制仲裁庭在第281和282條下的管轄權。仲裁庭同樣審議了《東南亞友好合作條約》、《生物多樣性公約》以及菲律賓和中國發表的一系列通過協商解決爭端的聯合聲明，並得出結論，認為這些文件中沒有任何一個構成禁止菲律賓將其訴求提起仲裁的協議。
仲裁庭進一步指出，在菲律賓提起仲裁之前，當事方已經根據公約第283條的要求就其爭端的解決交換了意見。仲裁庭作出結論，認為菲律賓和中國的外交交流記錄已經滿足了這一要求，在這些記錄中菲律賓表示了對包括其他南海周邊國家的多邊談判的明確偏好，而中國堅持其只考慮進行雙邊談判。
e. 管轄權的例外和限制
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭考慮了菲律賓關於中國歷史性權利以及「九段線」的訴求是否受到《公約》第298條關於涉及「歷史性所有權」的爭端作為管轄權的例外的規定的影響。仲裁庭審議了海洋法上「歷史性所有權」的涵義，並認為其指示的是對海灣以及其他近岸水域主張的歷史性主權。在審議了中國在南海的主張和行為之後，仲裁庭得出了中國主張對「九段線」內資源的歷史權利，而非對南海水域的歷史性所有權的結論。因此，仲裁庭認為其對審議菲律賓涉及歷史性權利的訴求及與中國之間涉及「九段線」的訴求具有管轄權。
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭還審議了菲律賓的訴求是否受到《公約》第298條關於涉及海洋劃界的爭端的例外的影響。在《管轄權裁決》中，仲裁庭已經認定了菲律賓的訴求本身並不涉及邊界劃分，但是也指出了某些菲律賓的訴求取決於部分區域是否為菲律賓專屬經濟區的組成部分。仲裁庭認為其只能在中國絕無可能存在與菲律賓重疊的專屬經濟區主張的情況下才能審議這些問題，並推遲了對這些管轄權問題作出最後結論。在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭審議了關於中國在南海主張的島礁的證據，並得出這些島礁均不能產生專屬經濟區主張的結論。因為中國並無在南沙群島與菲律賓產生重疊專屬經濟區主張的可能，仲裁庭認為菲律賓的訴求並不取決於在先的劃界。
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭還審議了菲律賓的訴求是否受到《公約》第298條關於涉及在專屬經濟區的法律執行活動的爭端的例外的影響。仲裁庭指出第298條的例外只有在菲律賓的訴求涉及中國的專屬經濟區內的法律執行活動的情況下方可適用。因為菲律賓的訴求只與菲律賓自身的專屬經濟區或者領海內的事件有關，仲裁庭的結論指出第298條不妨礙其行使管轄權。
最後，在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭審議了菲律賓的訴求是否受到《公約》第298條關於涉及軍事活動的爭端的例外的影響。仲裁庭認為菲律賓海軍和中國海軍以及執法船在仁愛礁的對峙構成軍事活動，並得出其對菲律賓第14（a）-（c）項的訴求不具有管轄權的結論。仲裁庭還審議了中國在七個南沙群島的島礁上進行填海和人工島嶼建設的活動是否構成軍事活動的問題，但注意到中國堅持強調其行為的非軍事性以及最高層表示中國將不會軍事化其在南沙的存在。仲裁庭決定，在中國自身反復強調相反的立場的情況下，其將不把這些活動視為軍事性質。因此，仲裁庭得出結論，即第298條不妨礙其行使管轄權。
4. 仲裁庭對菲律賓訴求的實體問題的裁決
a. 「九段線」以及中國對南海海域的歷史性權利
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭審議了中國「九段線」的影響以及中國是否在依照《公約》規定享有的海洋區域限制之外對南海資源享有歷史性權利。
仲裁庭審議了《公約》的歷史及其關於海洋區域的規定，認定《公約》意在全面分配締約國對海洋區域的權利。仲裁庭注意到在創設專屬經濟區的談判對資源（特別是漁業資源）的既存權利問題進行了詳細的討論，一些國家希望在新區域內保留歷史性漁業權利。然而這一立場最後被拒絕，而《公約》的最終版本只為其他國家在專屬經濟區內保留了有限的獲取漁業資源的權利（在沿海國沒有能力捕撈全部可捕量的情況下），並且沒有保留任何對石油或者礦業資源的權利。仲裁庭認為中國對資源的歷史性權利主張與《公約》對權利和海洋區域具體化的劃分不相適應，並得出結論，即使中國在南海水域範圍內對資源享有歷史性權利，這些權利也在與《公約》的海洋區域系統不相符合的範圍內，已經隨著《公約》的生效而歸於消滅。
為了確定中國是否在《公約》生效之前對南海的資源享有歷史性權利，仲裁庭也審議了歷史記錄。盡管仲裁庭強調其無權決定島嶼的主權問題，仲裁庭指出，有證據表明中國和其他國家的航海者和漁民在歷史上利用過南海的島嶼。然而，仲裁庭認為在《公約》之前，在領海之外的南海海域在法律上是公海的一部分，任何國家的船只均可自由航行和捕魚。因此，仲裁庭得出結論，中國歷史上在南海海域的航行和捕魚反映的是對公海自由而非歷史性權利的行使，並且沒有證據表明中國歷史上對南海海域行使排他性的控制或者阻止了其他國家對資源的開發。
因此，仲裁庭得出結論，在菲律賓與中國之間，中國並無在《公約》規定的權利範圍之外，主張對「九段線」之內海域的資源享有歷史性權利的法律基礎。
b. 南海島礁的地位
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭審議了南海島礁的地位以及中國根據《公約》可以潛在地主張的海洋區域。
仲裁庭首先進行了對部分中國主張的珊瑚礁在高潮時是否高於水面的技術性評估。根據《公約》第13條和121條，高潮時高於水面的島礁至少可以產生一個12海裡的領海，而高潮時沒入水中的島礁不能產生任何海洋權利。仲裁庭注意到南海的許多礁石被最近的填海和建設活動嚴重改變，並指出《公約》以自然狀態為基礎對島礁進行分類。仲裁庭指定了一位水文地理專家協助評估菲律賓的技術性證據，並在評估島礁的過程中大量依賴了檔案資料和歷史水文地理調查。仲裁庭同意菲律賓關於在自然狀態下黃岩島、赤瓜礁、華陽礁和永暑礁為高潮時高於水面的島礁以及渚碧礁、東門礁、美濟礁以及仁愛礁為高潮時沒入水中的島礁的觀點。然而，仲裁庭不同意菲律賓對南薰礁（北）和西門礁地位的界定，並判定他們均為高潮時高於水面的島礁。
仲裁庭之後審議了中國所主張的任一島礁是否可以產生超過12海裡的海洋區域的問題。根據《公約》第121條，島嶼可以產生一個200海裡的專屬經濟區和大陸架的權利，但是「不能維持人類居住或其本身的經濟生活的岩礁，不應有專屬經濟區或大陸架」。仲裁庭注意到，這項規定與創設專屬經濟區之後沿海國管轄權的擴張密切相關，其意圖在於防止微不足道的島礁產生大面積的海洋權利而侵犯有人定居的領土的權利或者侵犯公海以及作為人類的共同繼承財產保留的海床的區域。仲裁庭對第121條進行解釋並得出結論，認為對一個島礁的權利主張取決於（a）該島礁的客觀承載力；（b）在自然狀態下，是否能夠維持（c）一個穩定的人類社群或者（d）不依賴外來資源或純采掘業的經濟活動。
仲裁庭注意到南沙群島的許多島礁目前正被不同的沿海國控制，且這些沿海國在其上建立了設施並駐扎了人員。仲裁庭認為這些現代化存在依賴於外來資源和支持，並注意到，通過包括填海和建設基礎設施如海水淡化工廠等方式，許多島礁被加以改變以便加強其可居住性。仲裁庭認為，目前官方人員在許多島礁上的駐扎並不能證明它們在自然狀態下維持穩定的人類社群的能力，並且認為關於人來居住或者經濟生活的歷史證據與這些島礁的客觀承載力更為相關。在審查了歷史記錄之後，仲裁庭指出南沙群島在歷史上被小規模的中國和其他國家的漁民所利用，並且在1920和30年代也有在其上建立日本漁業和肥料開采企業的嘗試。仲裁庭認定漁民對這些島礁的短暫的利用不能構成穩定的人類社群的定居，以及歷史上所有的經濟活動都是純采掘性的。因此，仲裁庭得出結論，認為南沙群島的所有高潮時高於水面的島礁（例如包括太平島、中業島、西月島、南威島、北子島、南子島）在法律上均為無法產生專屬經濟區或者大陸架的「岩礁」。
仲裁庭還認為，《公約》並未規定如南沙群島的一系列島嶼可以作為一個整體共同產生海洋區域。
c. 中國在南海的活動
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭審議了中國在南海一系列活動在《公約》下的合法性。
在認定美濟礁、仁愛礁以及禮樂灘在高潮時沒入水中，構成菲律賓專屬經濟區和大陸架的一部分且不與中國任何可能的權利主張相重疊之後，仲裁庭得出結論，認為《公約》在菲律賓專屬經濟區海域內對主權權利的分配是明確的。作為事實問題，仲裁庭查明中國（a）干擾了菲律賓在禮樂灘的石油開采，（b）試圖阻止菲律賓漁船在其專屬經濟區內捕魚，（c）保護並不阻止中國漁民在美濟礁和仁愛礁附近的菲律賓專屬經濟區捕魚，以及（d）未經菲律賓許可在美濟礁建設設施和人工島嶼。仲裁庭因此得出結論認為中國侵犯了菲律賓對其專屬經濟區和大陸架的主權權利。
仲裁庭接下來審查了在黃岩島的傳統漁業活動，並發現菲律賓的漁民，以及中國和其他國家的漁民，長期以來保持在黃岩島及其周圍區域捕魚的傳統。因為黃岩島在高潮時高於水面，它可以產生對領海的主張，其周邊海域不構成專屬經濟區的一部分，傳統漁業權利也並未被《公約》所消滅。雖然仲裁庭強調其不會決定黃岩島的主權歸屬，但是仲裁庭認為中國在2012年5月之後限制菲律賓漁民接近黃岩島的行為違反了尊重他們傳統漁業權利的義務。然而，仲裁庭也指出，如果菲律賓阻止中國漁民在黃岩島捕魚，其將針對中國漁民的傳統漁業權利得出同樣的結論。
仲裁庭也審議了中國的活動對海洋環境的影響。在此過程中，仲裁庭指定了三位獨立的珊瑚礁生物學專家來協助其評估現有的科學證據以及菲律賓的專家報告。仲裁庭認為中國近期在南沙群島七個島礁大規模的填海和人工島嶼建設活動導致了對珊瑚礁環境的嚴重破壞，違反了中國在《公約》第192和194條下關於脆弱的生態系統以及衰竭、受威脅或有滅絕危險的物種的生存環境的保護和保全海洋環境的義務。仲裁庭同時認為中國漁民在南海以對珊瑚礁環境產生嚴重破壞的方法大量捕撈有滅絕危險的海龜、珊瑚以及大硨磲。仲裁庭查明中國官方對這些活動知情，但卻未能盡到《公約》下的勤勉義務予以阻止。
最後，仲裁庭審議了中國執法船於2012年4月和5月在黃岩島附近兩次試圖阻止菲律賓船只接近或者進入黃岩島的行為的合法性。在此過程中，仲裁庭指定了一位航行安全方面的獨立專家協助其審查菲律賓船只上的官員提供的書面報告以及菲律賓提供的航行安全方面的專家報告。仲裁庭認為中國執法船多次高速接近菲律賓船只並試圖近距離從前方通過，制造了嚴重的碰撞危險以及對菲律賓船只和人員的危險。仲裁庭結論認為中國違反了其在《1972年國際海上避碰規則公約》下以及《公約》第94條下關於海上安全的義務。
d. 加劇當事方爭端
在2016年7月12日的裁決中，仲裁庭審議了在仲裁開始之後，中國近期在南沙群島七個島礁上大規模的填海和人工島嶼建設活動是否加劇了當事方爭端。仲裁庭重申在爭端解決過程中，該爭端的當事方有義務防止該爭端的加劇和擴大。仲裁庭指出中國（a）在位於菲律賓專屬經濟區內的低潮高地美濟礁建設了大規模的人工島嶼；（b）對珊瑚礁生態系統造成了永久的，不可恢復的破壞以及（c）永久性地消滅了關於相關島礁自然狀態的證據。仲裁庭得出結論，認為中國違反了在爭端解決過程中爭端當事方防止爭端的加劇和擴大的義務。
e. 爭端雙方將來的行為
最後，仲裁庭審議了菲律賓關於作出中國未來應當尊重菲律賓的權利和自由並遵守其《公約》下的義務的聲明的請求。對此，仲裁庭指出菲律賓和中國雙方均反復強調接受根據《公約》以及一般誠意義務定義和規制其行為。仲裁庭認為本仲裁涉及爭端的根源並不在於中國或者菲律賓意圖侵犯對方的合法權利，而在於雙方對各自基於《公約》在南海的權利有根本性的理解分歧。仲裁庭指出，惡意之不可推定為國際法的基本原則，並指出附件七第11條規定「爭端各方均應遵守裁決」。仲裁庭因此認為無進一步聲明之必要。
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